Хетерохроматин (heterochromatin) – силно компактизиран хроматин (вж. хроматин) в интерфазното ядро. Обикновено хетерохроматинът е разположен в периферията на ядрото. В зависимост от възможностите му да се активира в клетката хетерохроматинът се разделя на конститутивен (винаги е в кондензирано състояние) и факултативен (в него временно не се извършва транскрипция на гени, но при необходимост се активира и се превръща в еухроматин).

Фиг. Еухроматин и хетерохроматин в интерфазно ядро (електронномикроскопска снимка). На електронномикроскопски снимки хетерохроматинът е по-тъмен от еухроматина поради по-високата му електронна плътност.