Хомоложни хромозоми (homologus chromosomes) – двойка хромозоми, еднакви по вид и размери, с еднакъв набор от гени (фиг. 1). В диплоидните ядра (2n) на зиготата и едната хомоложна хромозома е получена от мъжката гамета, а другата от женската гамета. Двете хомоложни хромозоми се различават по алелите на гените, които съдържат (фиг. 2).

Фиг. 1. Схема на хомоложни хромозоми в кариотипа (хомоложните хромозоми са представени чрез еднакви цветове).

Фиг. 2. Схематично представяне на хомоложни хромозоми – те носят еднакви гени, но алелите на тези гени в двете хромозоми могат да бъдат еднакви (например на схемата генът А и в двете хромозоми е представен от доминантния алел А) или различни (например на схемата генът В в двете хромозоми е представен от различни алели – А и а).